Durch ihre zentrale Lage und die für Kirchenmusik hervorragende Akustik sowie durch ihre Stellung als evangelische Universitätskirche mit ihrer herausgehobenen Geschichte ist die Schloßkirche ein zentraler Ort von Musik, Kultur und Theologie in Bonn.

Sie befindet sich etwas versteckt im ehemaligem kurfürstlichen Residenzschloß, dem heutigen Hauptgebäude der Universität. Erbaut wurde sie in den Jahren nach 1777, dem Jahr, in dem ein großer Brand das Vorgängerschloß zerstört hat.

Bis zur französischen Besatzung Anfang der neunziger Jahre des 18. Jahrhunderts diente die Schloßkirche als Hofkapelle des Kurfürsten und Erzbischofs von Köln. Der junge Ludwig van Beethoven erhielt hier bei Christian Gottlob Neefe Orgelunterricht und spielte bis zu seinem Weggang nach Wien als zweiter Hoforganist bei den Messaufführungen der Hofkapelle die Orgel. Am zweiten Weihnachtstag 1790 kam es in der Schloßkirche zur ersten Begegnung zwischen Joseph Haydn und Ludwig van Beethoven.

Seit 1816 ist die Schloßkirche evangelisch, zunächst als Universitäts- und Gemeindekirche, seit dem Bau der Kreuzkirche am Kaiserplatz im Jahre 1871 nurmehr als Universitätskirche.